Все детство дедушка рассказывал Джейкобу о необычном доме на окраине их городка, в котором живут дети с необычными способностями. Кому-то подвластна стихия воздуха, кто-то может держать огонь голыми руками, а один мальчик и вовсе невидимка. Все это воспринималось как сказки, до тех пор, пока сам мальчик не получил необычное письмо. Его пригласили в этот самый Дом странных детей Мисс Перегрин.
Когда юноша впервые посетил это место, он сразу понял, что байки дедушки оказались правдой. Дети со странными способностями действительно существуют. Но зачем его, обычного мальчика, пригласили сюда? Хозяйка дома, Мисс Перегрин, считает, что Джейкоб тоже обладает особой силой. Только он способен остановить "Пустот" - таинственных призраков, которые охотятся за силой. Мальчик обещает, что сделает все что от него зависит, чтобы спасти Дом странных детей.