Как и в первой части, общество отказывается принимать Людей Икс. Даже после того, как Магнето и его приспешники были оказались в тюрьме, правительство все еще пытается надеть оковы на мутантов. Ситуация ухудшается, когда таинственный сверхчеловек атакует главное управление правительства. Теперь Уильям Страйкер, предводитель движения против мутантов, хочет нанести ответный удар. Когда-то раньше он проводил опыты над людьми. Однако потеряв контроль над проектом, он возненавидел всех людей со сверхспособностями. Теперь росомаха впервые встретится со своим создателем.
Однако Страйкер не самая главная угроза для Людей Икс. В самый разгар войны из тюрьмы сбегает Магнето. Он предлагает свою помощь Людям Икс. Объединившись, они положат конец всеобщей ненависти к супермутантам. Однако, уничтожив одного противника, Магнето планирует сразиться со вторым. Перед Людьми Икс стоит трудный выбор.